机械清洗虽然比较方便，内镜消毒剂，省时省力，单纯的机械清洗达不到理想的清洗效果。某些管道、精密仪器和较难清洗部位必须手工清洗，机械清洗不能全部代替手工清洗。研究结果表明，手工清洗结合机械清洗的效果优于单独手工清洗，超声波清洗和自动清洗机清洗。在实际工作中，只有将手工清洗和机械清洗有机结合起来，才能充分发挥清洗效果，提高器械的清洗。
器械分类
清洗前将生锈的器械挑出单独清洗，因生锈的器械在水中分解为铁离子，铁离子接触到光洁的器械表面产生锈蚀，去污处理完毕的器械，应专人负责检查。
2.减少机械磨损
无论是人工清洗还是机械清洗都应避免器械过度受到机械磨损，避免用硬毛刷、钢丝球擦洗器械，破坏器械表面的保护膜。
3.保持器械干燥
潮湿的器械因带有水分影响灭菌因子的穿透，造成灭菌失败，应选用干燥设备对器械进行干燥处理。经过干燥程序后应为器械上油，隔绝干燥的器械表面与空气及其他有害的化学物质，从而起到保护器械的作用。
4.定期监测水质
关注灭菌蒸器用水及终末冲洗纯化水的，定期监测压力蒸汽灭菌器的用水。冲洗、洗涤、漂洗时应使用软水，终末漂洗、消毒时应使用纯化水。
5.器械存放
器械存放环境不佳也是造成锈蚀的原因之一，仪器应在干燥无尘的环境中存放，避免器械与气温温差太大，以免仪器上出现冷凝液。器械包应规则放置，避免叠放，内镜消毒剂，并分类存放，不能同化学---放在一起。
不要使用带有紫外线、臭氧等功能的储镜柜。一方面达不到对内镜管路里面的杀菌作用，同时会对内镜外表面造成老化。
18．长期储存内镜时建议将附件插下分别放置，这样能避免水分残留，有利于内镜内部保持干燥，降低可能的微生物污染。
19．电子内镜使用时要---导光杆的干燥。湿的导光杆会使电子接触点生锈，内镜消毒剂生产厂家，久而久之电子信号传送不畅而失去功能。
20．内镜修理时要到授权经销处进行。使用旧的或者非正式的零部件，或者由非人士进行修理将增加二次故障的可能性。
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